基金管理人在申报产品增值税和管理费增值税时需要注意以下几个方面：
1. 印花税的缴纳
基金管理人在核算时，如果没有收取投资者的投资款项，则无需缴纳印花税。根据各地税务机关的规定，有些合伙企业在其他科目核算时，也需要按照0.25‰的税率缴纳印花税。
2. 废弃电器电子产品处理基金的征收
根据工业和信息化部、海关总署、国家税务总局联合印发的《废弃电器电子产品处理基金征收使用管理办法》，国家对取得废电处理资格的处理企业按照实际完成拆解处理的废电数量给予定额补贴。
3. 利息收入的缴税
如果基金管理人的利息收入属于非保本收益，则不需要缴纳增值税。
4. 基金运作过程中收取的管理费收入
基金管理人按照“直接收费金融服务”计算并缴纳增值税，即按照投资者购买基金的金额计算管理费。例如，如果投资者购买90元的基金，并支付10元的申购手续费，管理费的计算基数为90元。
5. 小规模纳税人和有限合伙企业缴税
小规模纳税人可以采用简易计税方法，销售额按照收取费用全额计税。而有限合伙企业和公司型私募基金属于独立的增值税纳税主体，可以独立核算和缴纳增值税。
6. 增值税的申报和缴纳
基金管理人需要每个月或每个季度相应地申报和缴纳增值税。如果符合增值税减免政策，小规模纳税人也能享受相应的减免优惠。
7. 基金管理人代缴增值税
基金管理人为资管产品代缴增值税时，可以通过开通网上报税的方式进行申报，不同地方可能有不同的申报方法。
8. 超额管理费的税率
基金管理人收取的超额管理费属于基金管理人的激励措施，在一般情况下，根据收入性质，按6%的税率缴纳增值税。
基金管理人在申报产品增值税和管理费增值税时，需要注意印花税的缴纳、废弃电器电子产品处理基金的征收、利息收入的缴税等方面。根据小规模纳税人和有限合伙企业的不同情况，计算和缴纳增值税的方法也有所不同。基金管理人还可以通过开通网上报税的方式来代缴增值税。对于超额管理费收入，需要按照6%的税率缴纳增值税。以上措施和规定，旨在规范基金管理人的税务申报行为，保证税金的合规缴纳。