根据《试点办法》的规定，挂牌公司控股股东及实际控制人直接或间接持有的股份将分3批进人代办系统转让.每批进人的数量均为其所持股份的1/3，进人的时间分别为挂牌之日、挂牌期满1年和2年。同时，如果挂牌前12个月内控股股东及实际控制人直接或间接持有的股份进行过转让的，该股份的转让限制也适用上述规定。
而根据《公司法》，股份有限公司的发起人持有的股份自公司成立之日起1年内不得转让;公司董事、监事、高级管理人员在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的25%;上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的公司股份，这些规定也是当然适用于新三板挂牌公司的。
此外，挂牌公司还可以通过章程中的约定，对公司蓝事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份做出限制性规定，以保障公司自身利益。
2.特殊情形的股份转让限制。根据(试点办法)，挂牌公司在挂牌前12个月内进行过增资的。货币出资的新增股份自工商变更登记之日起满12个月可进人代办系统转让，非货币财产出资的新增股份自工商变更登记之日起满24个月可进人代办系统转让。
3.股份转让的暂停。根据《试点办法》，挂牌公司涉及无先例或存在不确定性因素的重大事项需要暂停股份报价转让的，主办券商应暂停其股份报价转让，直至爪大事项获得有关许可或不确定性因素消除。这一规定类似于证券交易所的停牌，是为了避免股价的非常规波动影响到公司和投资者的利益。
另外，如果挂牌公司向证监会申请公开发行股票并上市，主办券商也应当自证监会正式受理其申请材料的下一个报价日起，暂停该挂牌公司股份的转让，直至股票发行审核结果公告日。