在增值税发票联和抵扣联丢失情况下,可以按照《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定处理。运输企业可以凭提货单、装卸过程凭证、相关联单等核实证明,并经当地税务机关申报单证销毁程序完毕,申请征管机关核定补开增值税发票,抵扣申请人可以凭采购发票、发票抵扣凭证等进行申报,经当地税务机关申报单证销毁程序完毕可以换回发票或者抵扣凭证。拓展:如发票被人为破坏,也可以根据税务鉴定中心的《增值税发票破坏鉴定书》,向当地税务机关提出发票补开申请,由税务机关经过审核后决定是否补开发票。
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