会。如果公积金贷款在还款日扣款失败或者是扣款余额不足，那么是会在还款日发起第二次扣款的。一般是先扣公积金账户余额，再扣银行卡的钱，如果公积金账户余额充足，则不会再扣银行卡的钱，如果公积金账户余额不足，再从银行卡里扣除。

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