水利建设专项收入计税依据是《企业所得税法》第八十五条有关规定，税率为25%，即从该项收入中扣除合理的管理费用、管理费和折旧后，计算应纳税额，其税率为25%，即每5000元的收入需要缴纳1250元的税款。
水利建设专项收入计税核算中，受税人可委托会计师事务所出具审计报告，以便核实其纳税义务，以确保账务公正合法，且支付的税金准确无误。同时，受税人还可以办理专项收入税收专户，每月由受税人报送的账户资料，由税务机关将税款转入该账户，以规范税款收支。
此外，根据相关政策规定，水利建设专项收入中可以准许提取的部分资金也可以不缴税，但具体情况应随政策变化而变化，因此，受税人还应咨询有关部门以获取最新政策资讯。
