对于本金低于10000元的股票交易，佣金的计算方式主要遵循以下规则：
一、佣金费率
股票交易的佣金费率通常由证券公司规定，并且可能因券商和客户的交易量、资金规模、交易频率等因素而有所不同。一般来说，市场上佣金费率普遍在万分之三至万分之五之间。然而，对于小额交易（如本金低于10000元），如果按佣金费率计算出的佣金不足5元，那么通常会按照5元或券商规定的最低佣金标准来收取。这是证券行业的惯例，旨在覆盖券商的基本服务成本。
二、佣金计算公式
佣金的计算公式为：佣金 = 成交金额 × 佣金费率。但需要注意的是，由于存在最低佣金标准（如5元），因此实际收取的佣金可能会高于按佣金费率计算出的金额。
三、实例说明
假设某投资者以9000元的本金购买股票，券商规定的佣金费率为万分之三。那么，按照佣金费率计算出的佣金为：9000元 × 0.03% = 2.7元。然而，由于2.7元低于券商规定的最低佣金标准5元，因此实际收取的佣金为5元。
四、其他费用
除了佣金外，股票交易还可能涉及其他费用，如印花税和过户费。印花税是由国家收取的税费，通常在卖出股票时按照成交金额的千分之一（0.1%）来收取。过户费则是股票成交后进行过户所支付给证券登记清算机构的费用，按成交金额的万分之0.1（0.001%）双向收取。这些费用与佣金一起构成了股票交易的总成本。
五、降低佣金的策略
对于小额交易的投资者来说，降低佣金的方法主要包括：
1. 选择低佣金的券商：市场上存在多家券商，佣金费率存在差异。投资者可以在开户前进行对比，选择佣金费率较低的券商进行开户。
2. 与券商协商佣金：投资者可以与券商的客户经理进行协商，根据自身的交易频率、资金规模等因素申请降低佣金费率。
3. 增加交易量：对于交易量较大的投资者，券商可能会提供更为优惠的佣金费率。
综上所述，对于本金低于10000元的股票交易，佣金的计算方式主要遵循券商规定的佣金费率和最低佣金标准。投资者可以通过选择低佣金的券商、与券商协商佣金以及增加交易量等方式来降低交易成本。